NCBI最常用且著名的序列比对工具是BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)。

BLAST是生物信息学中一个非常核心的工具，用于在各种生物数据库中搜索与给定序列（可以是核酸或蛋白质序列）相似的序列。其设计旨在快速地在这些大型数据库中找到与查询序列具有局部相似性的序列区域。具体来说，使用BLAST可以进行以下几种类型的搜索：

1. BLASTN：用于核苷酸序列的搜索。
2. BLASTP：用于蛋白质序列的搜索。
3. BLASTX：用于翻译的核酸查询序列与蛋白质数据库的搜索。
4. TBLASTN：用于蛋白质查询序列与翻译的核酸数据库的搜索。
5. TBLASTX：用于查询和数据库都进行六框翻译，然后进行比对的搜索。

除了BLAST之外，NCBI还提供了其他一些比对和分析工具，如BLAT(用于快速比对DNA序列的工具)、COBALT(用于多重序列比对和基因家族分析)等。这些工具可以帮助研究人员从不同的角度对序列进行分析和理解。

总的来说，在进行序列比对时，用户首先需要打开NCBI网站，选择适合自己研究目的的比对工具，输入自己的待比对序列，并根据需求选择适当的参数和数据库进行搜索。通过比对结果，研究者可以得到与查询序列相似性较高的序列，进而进行进一步的生物学分析和解读。