微生物处理微污染水体的方法包括：

1. 利用微生物的吸附能力来去除有机物质：利用可生物降解的材料如石墨烯或介孔炭来吸附有机物质，并利用发酵床或反应池中的微生物进行降解。
2. 利用微生物还原性氧化过程：通过使用氧化剂（如卤化金属或氧气）将其他形式的污染物如重金属、亚硝酸盐、二氧化硫或其他有害化学品转变为无害成分。
3. 分子生态学方法：分子生态学是一个多面向的、数字化的、能够帮助人们了解大小不一样的环境中微生物间相互作用关系的工具。通过使用它可以找出影响水体中有害因子传播、传递与代谢方式的微生物。