以下是用Java实现的算法，用于计算机器存储完所有连续子数组时的存储次数：

public class SubarrayCount {
    public static int countSubarrays(int[] arr1, int[] arr2) {
        int n = arr1.length;
        int[] count = new int[n + 1];
        int result = 0;

        for (int i = 0; i < n; i++) {
            int[] freq = new int[n + 1];
            int diff = 0;

            for (int j = i; j < n; j++) {
                int x = arr1[j];
                int y = arr2[j];

                if (freq[x] == 0 && freq[y] == 0) {
                    diff++;
                }

                freq[x]++;
                freq[y]--;

                if (freq[x] == 0 && freq[y] == 0) {
                    diff--;
                }

                count[diff]++;
            }
        }

        for (int i = 1; i <= n; i++) {
            result += count[i] * i;
        }

        return result;
    }

    public static void main(String[] args) {
        int[] arr1 = {1, 2, 3, 4, 5};
        int[] arr2 = {2, 3, 4, 5, 1};

        int result = countSubarrays(arr1, arr2);
        System.out.println("机器存储的连续子数组的总次数为: " + result);
    }
}

这个算法的思路是，使用两个数组arr1和arr2来表示连续子数组的起始和结束位置。我们遍历数组，使用freq数组来记录每个数字出现的次数。当一个数字第一次出现时，我们将diff增加1，表示出现了一个新的连续子数组。当一个数字最后一次出现时，我们将diff减少1，表示当前连续子数组结束。然后，我们将diff作为索引，将count数组中对应位置的值增加1，表示存储了一个连续子数组。最后，我们将count数组中的值乘以对应的索引，然后累加到result中，得到最终的存储次数。

在上面的示例中，我们使用了两个长度为5的数组arr1和arr2，它们分别表示连续子数组的起始和结束位置。运行程序后，将输出机器存储的连续子数组的总次数。